Отдел основного книгохранения формирует основную часть библиотечного фонда, с целью хранения и использования в библиотечном и информационном обслуживании пользователей и абонентов библиотеки.

Фонд отдела универсален по своему содержанию и включает в свой состав книги, журналы, газеты и электронные издания. Книжное собрание содержит издания с конца XV века по настоящее время по всем отраслям знания. Гордостью отдела является уникальная коллекция редких изданий, включающая рукописные и старопечатные книги XV-XVII веков, книги гражданской печати XVIII века, прижизненные издания произведений выдающихся общественных деятелей, ученых и писателей, издания являющиеся образцами полиграфического искусства, художественные альбомы, книги с автографами, миниатюрные издания. Особую ценность представляют 18 рукописных книг различных периодов: с начала рукописной традиции XVI века и книги XVII-XVIII веков на церковнославянском языке, а также книги XIX века на русском языке. Самой старой из них является «Минея» на сентябрь месяц, написанная в конце XV столетия. Имеются 24 старопечатные книги.

Основная форма обслуживания – предоставление литературы в читальный зал и через систему МБА. Одним из приоритетных направлений работы отдела является сохранность фондов. С этой целью проводится комплекс мер, наиболее значимыми из которых являются микрофильмирование и фазовая консервация дореволюционных изданий.

В состав отдела входят пять подразделений: основного книгохранения, периодических изданий, редкой книги, переплета и консервации, а также зал периодических изданий, обеспечивающий пользователей новейшими журналами и газетами.